具體的祭典儀式為“三月十一那天，全臺各地保生大帝廟的信徒紛紛抬著“分身”神像來到學(xué)甲，香客總數(shù)可達(dá)二三十萬之眾，分鑼鼓隊(duì)、蜈蚣陣、宋江陣等等。人們先抵慈濟(jì)宮參拜保生大帝，然后循著300多年前祖先的足跡前往4公里外的頭前寮 （即鄭成功部下當(dāng)年攜保生大帝神像登陸之地）集中，所有保生大帝的神像集中于此，由道士作法，宣讀祭文，意謂送保生大帝前往白礁參加祭祀。然后大隊(duì)人馬又隨神像回到學(xué)甲將軍溪畔廣場，那里搭好的祭臺上供奉著炎帝、黃帝等中華民族列祖列宗的神像，主祭和陪祭人員率眾祭拜民族祖先，恭讀祭文。之后隨即舉行遙拜白礁慈濟(jì)宮祖廟儀式，向西行三鞠躬禮，祈求保生大帝將大家的虔誠心意帶回故土。

再往后是“請水”儀式，由主祭道士在將軍溪中取一瓢清水，恭敬捧著眾隊(duì)隨后，奉回慈濟(jì)宮供奉于神案上，此乃表示飲水思源之意，參與祭典人眾回到鎮(zhèn)上，已是華燈初上，夜幕低垂。接下去是各家擺酒宴請親友與香客、如此熱鬧的慶典達(dá)四五天之久。這種隆重而虔誠的慶典，在我國民俗中亦屬罕見，從中可見臺灣同胞對祖國眷戀之一斑。