對秦良玉巾幗不讓須眉的英勇行為，大明總督李化龍大為嘆異，命人打造一面銀牌贈與時年26歲的秦良玉，上鐫“女中丈夫”四個大字，以示表彰。

攻下鄧坎后，剿匪大軍剩勇追寇，接著又順利地拿下了桑木、烏江、河渡三關，直達播州外圍的婁山關。婁山關是播州城外的一道天然屏障，山勢高峻險要，僅一條小路通過關口，可謂是“一夫當關，萬夫莫開”之地。婁山關由于道路狹窄，無法通過大批兵馬，只宜智取，不宜強攻，秦良玉便幫丈夫定下了一個巧取的方案。這天凌晨，秦良玉與丈夫馬千乘雙騎并馳，沿正路攻向關口，只見兩桿長矛上下翻飛，擋關的敵兵一一倒下，而后上的援兵也無法一擁而上。當秦良玉夫婦并肩血戰(zhàn)、而敵兵越聚越多時，幾千白桿軍突然從關口兩側包圍過來，敵兵猝不及防，紛紛作鳥獸散。攻下婁山關后，叛軍失去了護身符，剿匪大軍一鼓作氣，攻陷了叛軍據點播州城，楊應龍全家自焚而死，這場曠日持久的叛亂終于偃旗息鼓、灰飛煙滅了。

平叛后論功行賞時，石柱白桿兵戰(zhàn)功卓著，被列為川南路第一有功之軍，秦良玉初次參加大戰(zhàn)，立下汗馬功勞，除受到重獎外，“女將軍”的英名遠播四方，聞之者無不肅然起敬。

萬歷四十一年（1613年），秦良玉丈夫馬千乘死于獄中?！睹魇贰酚涊d說，石柱部民狀告馬千乘，明廷把他逮入云陽獄，不久馬千乘病死其中。但他真正的死因，其實是北京萬歷帝派來的監(jiān)稅太監(jiān)丘乘云向石柱索取賄賂，馬千乘自恃于朝廷有功，不予。這下可羞惱了丘公公，他指使手下捏造罪名，把馬千乘逮捕入獄，活活折磨而死，年僅41歲。

馬千乘冤死于獄中后，朝廷仍保留了他家石砫宣撫史的世襲職位。而這時馬家的繼承人馬祥麟年齡尚幼，朝廷鑒于秦良玉作戰(zhàn)有功，文武兼長，所以授命她繼任了丈夫的官職。

秦良玉毅然接過丈夫遺留下來的千斤重擔，來完成丈夫未竟的事業(yè)，繼續(xù)訓練白桿兵，管理石砫民眾，盡心盡力，盡職盡責。

明神宗萬歷末年，滿人崛起于東北的白山黑水之間，以努爾哈赤為汗，建立后金，公然叛明。明神宗調集八萬大軍征邊應敵，卻不料出師不利，八萬大軍幾乎全軍覆沒。

遼東情勢危急，直接威脅著大明之都北京城的安全。朝廷急調全國兵馬赴援，秦良玉此時已經46歲了，仍然親自率領3000名白桿兵，連同自己的哥哥、弟弟、兒子，日夜兼程北上衛(wèi)邊，為國效力。

到了萬歷四十八年，秦良玉的白桿兵已與后金軍隊打了幾場硬仗，大大挫傷了后金兵的銳氣。這時，明神宗駕崩，明光宗繼位，光宗在位僅一個月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝寶座。

前后幾個月時間，明廷頻繁易主。后金乘虛而進，攻占了沈陽，其氣焰十分囂張，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏，為了搶回大明損失的國土，強渡渾河與后金兵激戰(zhàn)，無奈因寡不敵眾，秦邦屏戰(zhàn)死疆場，秦民屏身陷重圍。秦良玉聞訊后，親自率領百名白桿兵，渡河殺入重圍，拼死救出了弟弟，搶回了哥哥的尸體。其后，朝廷任命秦良玉為把守山海關的主將。

要塞山海關是東北通向內地的必經之路，后金軍屢次派重兵前來叩關挑戰(zhàn)，秦良玉都不為所激，只命部下加固防守，終使清兵無法得逞。一次，秦良玉的兒子馬祥麟帶兵巡關時，被敵軍的流矢射中一目，他忍痛拔出箭鏃，援弓搭箭向遠處的敵人射去，連發(fā)三箭，射死三個敵人，后金將領大為震懼，從此不敢輕易再來山海關挑釁了。

短短的時間內遭遇了兄亡子傷，秦良玉悲痛欲絕、肝腸寸斷，于是上書皇帝，陳述了自家軍隊作戰(zhàn)及傷亡情況，明嘉宗深為感動，下詔賜予秦良玉二品官服，并封為誥命夫人，任命其子馬祥麟為指揮吏，追封秦邦屏為都督僉事，授秦民屏都司僉事之職，還重賞了白桿兵眾將士。

山海關戰(zhàn)事暫時平息了，于是秦良玉率部返回石柱。返回之時，正趕上永寧宣撫使奢崇明起兵叛亂，奢崇明的黨羽樊龍占據了重慶，聽說秦良玉帶兵回到了石柱，馬上派人攜金銀厚禮去與她聯(lián)絡，想請她共同舉兵；秦良玉大怒，當即斬了來使，火速發(fā)兵，溯江西上趕到重慶，出其不意地打敗了樊龍的部隊，攻占了重慶。緊接著，她又率兵直赴成都，徹底擊毀了叛軍勢力。朝廷聞報后，授秦良玉為都督僉事，并任命她為石柱總兵官。