淳熙十五年(1188年)十一月，朱熹再次向孝宗上萬言奏章，提出正心、輔翼太子、選任大臣、振舉紀(jì)綱、變化風(fēng)俗等建議，進(jìn)言殷切。但因觸及當(dāng)政權(quán)臣利益，被彈劾為“假道學(xué)”，仍無法參政。次年，因朝政更加衰敗，各種矛盾激化。朝廷為拉攏人心，于十一月詔命朱熹從主管西京嵩山崇福宮的閑職提升為知漳州。紹熙元年(1190年)四月上任后，朱熹刻印“四書”、“五經(jīng)”，廣為流傳；禁止婦女當(dāng)尼姑，廢除淫祠穢庵；奏請朝廷免去漳州各縣原上繳的無名賦共700萬緡；還減掉郡內(nèi)總制錢400萬緡，以減輕百姓負(fù)擔(dān)。曾奏行《經(jīng)界法》，但未獲實(shí)行。翌年，朱熹返回建陽，移居考亭，聚徒講學(xué)。

宋紹熙五年(1194年)，朱熹任湖南安撫使，再度到潭州，百姓扶老攜幼，爭相觀看，道路為之阻塞。朱熹上任后重整岳麓書院，重新聘請教師黎貴臣等，貫徹自己教學(xué)思想，并把《白鹿洞書院教條》頒布于岳麓書院，成為該院正式的學(xué)規(guī)，是為書院發(fā)展史上一件大事。同年八月，朱熹被舉為煥章閣待制兼侍講。此間曾上 書寧宗，指斥宰相韓侂胄竊權(quán)害政，寧宗不僅不聽，反而罷朱熹的官，任侍講僅46天。朱熹被罷官后，回建陽考亭，專事講學(xué)，不再過問政事。然而，在隨后的幾年中，韓派斥道學(xué)為偽學(xué)、朱派為逆黨；朱熹門人被流放或-，人稱“慶元黨禍”。

朱熹為官9年，講學(xué)傳道40多年；親手創(chuàng)建云谷、寒泉、武夷等書院；著有《四書集注》、《周易本義》、《西銘解》、《太極圖說解》、《詩集傳》、《楚辭集注》等五六十部。對“四書”、“五經(jīng)”逐字推敲，有獨(dú)特解釋，是一位好學(xué)不厭、誨人不倦的良師。師生情誼親密無間，令人感動(dòng)。朱熹講課時(shí)，反復(fù)提醒，絕不含糊。門生黃榦稱：朱熹一天不講學(xué)，就感到不快活。課后，朱熹常與學(xué)生流連忘返于林泉山石之間，日落才歸。朱熹主張：8歲入“小學(xué)”，15歲入“大學(xué)”。認(rèn)為兒童可塑性很大，理解力卻較差，“小學(xué)”應(yīng)注重行事的訓(xùn)練，“大學(xué)”教育應(yīng)注重理論探討。強(qiáng)-育方法應(yīng)“循序漸進(jìn)，熟讀深思，虛心涵養(yǎng)，切己體察，著緊用力，居敬持志”。其“窮理以致其知，反躬以踐其實(shí)”及以“居敬”為主的學(xué)說，為以后歷代統(tǒng)治者所奉行。朱熹還注重師表和環(huán)境對學(xué)生的潛移默化。

朱熹在哲學(xué)上發(fā)展了二程(程顥、程頤)關(guān)于理、氣關(guān)系的學(xué)說，集理學(xué)之大成。認(rèn)為：“理”、“氣”不相離，但“理”在先，“氣”在后。“理”是物質(zhì)世界的基礎(chǔ)和根源，無“理”就沒有世界萬物；即使山河大地都?xì)?，“理”仍存在。又主張“理一分殊”，認(rèn)為“理”體現(xiàn)在萬事萬物中，萬事萬物是“理”的具體體現(xiàn)；強(qiáng)調(diào)“天理”與“人欲”的對立，要求人放棄“私欲”而服從“天理”。

朱熹哲學(xué)思想屬客觀唯心主義哲學(xué)體系，也有樸素唯物主義和辯證法的因素。朱熹吸收當(dāng)時(shí)的科學(xué)成果，提出對自然界變化的某些見解。如認(rèn)為天地未分時(shí)，只有陰、陽二氣，二氣矛盾而生水、火，再化出天、地、日、月、星辰；指出，地在中央，日、月、星辰在地的周圍，反對天高地卑的傳統(tǒng)說法。登武夷山時(shí)，看到山上有螺蚌殼化石、魚化石之類，認(rèn)為：此化石即舊日之土，螺蚌、魚即水中之物，低下的變而為高，柔者卻變?yōu)閯?。這些認(rèn)識在當(dāng)時(shí)具有進(jìn)步意義。朱熹還認(rèn)為，天下事物都是有對應(yīng)的，形而上對形而下，有上便有下，有高便有低等等；對事物內(nèi)部的矛盾、變化、發(fā)展而且互相聯(lián)系、互相制約的辯證過程，也有初步認(rèn)識。朱熹認(rèn)為：“治國、平天下、誠意、正心、修身、齊家，只是一理?！敝鲝?jiān)谒枷肷?、行為上?shí)行封建的倫理道德，教人安于封建社會秩序。在政治上主張“以口數(shù)占田”，防止大官僚、大地主兼并土地；清量土地，實(shí)行賦稅的公道負(fù)擔(dān)；實(shí)行“社倉”政策，減輕農(nóng)民受0剝削等等，藉此調(diào)和社會矛盾，集中力量抗金，挽救民族危機(jī)。

朱熹在福建留下的書銘、詩文、墨跡甚多。慶元六年(1200年)農(nóng)歷正月，朱熹作《聚星亭贊》。三月初，為諸生作《太極圖說》、《西銘》。三月九日病逝。