第二年的一天中午，他在家門(mén)口偶然看見(jiàn)幾位腳僧，肩挑著瓢笠等什物，遠(yuǎn)遠(yuǎn)地走來(lái)，便跑去問(wèn)母親：“他們是什么人呀？”“那些是行腳的掛搭僧?！?/p>

他聽(tīng)了暗自高興，又到門(mén)外去看，見(jiàn)行腳僧來(lái)到樹(shù)下，把擔(dān)物放在樹(shù)邊，然后向他母親問(wèn)訊化齋，母親忙著去烹茶燒飯，對(duì)僧眾非常恭敬。行腳僧吃過(guò)齋飯后，挑起擔(dān)物，舉起一只手向他母親致謝，母親見(jiàn)了急忙避開(kāi)，恭敬地對(duì)僧眾說(shuō)：“勿謝！”僧眾便徑直上路去了。

當(dāng)行腳僧去遠(yuǎn)后，他不解地問(wèn)母親：“僧眾如何如此無(wú)禮，吃了齋飯也不說(shuō)一句感謝的話(huà)？”“僧眾要是感謝我們，我們就求不到福了?！蹦赣H解釋說(shuō)。

聽(tīng)了母親的話(huà)，他心里暗自想：“這樣看來(lái)，僧眾的確是人間最高尚最偉大的人了！”從這以后，便時(shí)刻發(fā)心想出家修行，只是苦于沒(méi)有出家的方便門(mén)路罷了。

憨山大師聽(tīng)到金陵的一位和尚說(shuō)：“金陵報(bào)恩寺的住持西林和尚，一生修行，很有道德。”便發(fā)心想跟隨西林和尚去學(xué)佛法。

他就把出家學(xué)佛法的事告訴了父親，但卻遭到了父親的拒絕，只得又去請(qǐng)求母親，母親說(shuō)得很有道理，她說(shuō)：“養(yǎng)育兒女的目的是期望他獲得真正的成就，既然他有這樣崇高的志愿，我們做父母的應(yīng)該讓他去！”于是就在十月的一天，把他送到報(bào)恩寺去了。

后來(lái)大師依西林永寧和尚誦習(xí)經(jīng)教，兼習(xí)儒學(xué)及古文詩(shī)賦。十九歲，往謁棲霞山云谷法會(huì)禪師領(lǐng)受禪法。

萬(wàn)歷二年（一五七四）大師又離京行腳，游嵩山、洛陽(yáng)，至山西蒲州會(huì)見(jiàn)妙峰大師，和他同上五臺(tái)山，居北臺(tái)之龍門(mén)，參禪悟道。

大師自從離五臺(tái)山后，常有拜見(jiàn)父母之心，但恐落世俗知見(jiàn)，所以一直沒(méi)去。

不久前大師擬為報(bào)恩寺請(qǐng)一部大藏經(jīng)，在十月份到了京都，太后即命人贈(zèng)給一部。大師奉經(jīng)到了龍江，這時(shí)報(bào)恩寺的寶塔連日放光呈瑞。大師到了金陵報(bào)恩寺，在迎經(jīng)的那一天，寶塔的光明好象一座橋一樣，呈半圓形向北伸延，迎接藏經(jīng)的僧人都從光明中走過(guò)。直至安置藏經(jīng)，建立道場(chǎng)，光明仍連日不絕。

這罕見(jiàn)的奇妙光明，吸引了千千萬(wàn)萬(wàn)的人們來(lái)瞻仰觀(guān)禮，面對(duì)如此瑞詳之相，無(wú)不嘆為稀有。

大師送經(jīng)到報(bào)恩寺的消息，不脛而走，一直傳到他老母親的耳朵里。老母親欣喜異常，先派人去問(wèn)候大師何日到家，大師說(shuō)：“我這次是為朝廷之事而來(lái)，不是為了家庭來(lái)的。如果老母親在相見(jiàn)時(shí)，如同過(guò)去未離時(shí)一樣歡喜，那我最多可回家過(guò)二夜，否則我就不回去了！”

老母親見(jiàn)大師這樣說(shuō)，就派人再去說(shuō)：“現(xiàn)在能再相見(jiàn)，已歡喜的不得了，那里還會(huì)悲傷？見(jiàn)一面就可以了，又何況是二夜呢？”

大師在靜坐中以神通力回到家里，老母親一見(jiàn)兒子，因過(guò)于激動(dòng)，竟高興得昏倒在地。

晚上，大家聚在房間里敘談，一位族中的長(zhǎng)者問(wèn)：“你乘船來(lái)還是乘車(chē)來(lái)？”老母親說(shuō)：“何必問(wèn)乘船來(lái)乘車(chē)來(lái)！”

長(zhǎng)者又問(wèn)：“哪從何處來(lái)呢？”老母親說(shuō)：“從空中來(lái)！”大師聽(tīng)了驚訝地想：“怪不得老母親當(dāng)年能舍我出家??！”

于是問(wèn)老母親：“我出家后，你想念我嗎？”老母親說(shuō)：“哪能不想念呢！”大師又問(wèn)：“你怎么排遣這想念之情呢？”

老母親說(shuō)：“我起初不知如何是好，后來(lái)知你在五臺(tái)山，就去問(wèn)師父五臺(tái)山在什么地方，師父說(shuō)“在北斗之下，即你令郎盾住之處”。我從此后，每夜朝北斗星的方向禮拜，稱(chēng)念菩薩的名號(hào)，漸漸地就不再想念了。假如說(shuō)你死了，就不再拜了，也不再想念了，今天見(jiàn)到你，是神通變化而來(lái)呀！”

第二天，大師隨二親去祭祖墓，又去卜擇二親的葬穴，這時(shí)老父親已八十歲了，大師開(kāi)玩笑說(shuō)：“今日活理老子，省得他日再來(lái)！”并把鏟斫在地上，老母親見(jiàn)了一把奪過(guò)鏟說(shuō)：“老婆婆自埋，又何必?zé)﹦e人來(lái)！”連斫了數(shù)十下。

第三天，大師向二親告別，老母親歡喜如故，未嘗蹩眉，大師知道老母親并非尋常之人。

憨山大師遭到流放，十一月，大師到了南京，在長(zhǎng)江邊上老母親來(lái)與大師訣別。大師見(jiàn)老母親歡喜交談，音聲請(qǐng)亮，胸中沒(méi)有絲毫的滯礙，于是問(wèn)：“當(dāng)您聽(tīng)到兒死生之際，難道就不憂(yōu)愁嗎？”

老母親說(shuō)：“死生是由業(yè)力而定，我自己的死生尚且不憂(yōu)，何況是你呢？但人言參差，我對(duì)此事又沒(méi)有決定的見(jiàn)解，所以覺(jué)得有些懷疑。”

母子倆就這樣坐談到天亮，在即將訣別時(shí)，老母親囑咐說(shuō)：“你應(yīng)善以大道自愛(ài)，不要替我擔(dān)憂(yōu)，今天我也與你長(zhǎng)別了！”老母親說(shuō)完，頭也不回地欣然上路去了。

大師望著母親遠(yuǎn)去的背影，感慨地想：“天下的父母都能這樣，豈不可以頓盡生死之情了嗎？”于是下筆寫(xiě)了一首《母子銘》：

母子之情，磁石引鐵；

天然妙性，本自圓成。

我見(jiàn)我母，如木出火；

木已被焚，火元無(wú)我。

生而不戀，死若不知；

始見(jiàn)我身，是石女兒。