第二年的一天中午，他在家門口偶然看見幾位腳僧，肩挑著瓢笠等什物，遠(yuǎn)遠(yuǎn)地走來，便跑去問母親：“他們是什么人呀？”“那些是行腳的掛搭僧。”

他聽了暗自高興，又到門外去看，見行腳僧來到樹下，把擔(dān)物放在樹邊，然后向他母親問訊化齋，母親忙著去烹茶燒飯，對僧眾非常恭敬。行腳僧吃過齋飯后，挑起擔(dān)物，舉起一只手向他母親致謝，母親見了急忙避開，恭敬地對僧眾說：“勿謝！”僧眾便徑直上路去了。

當(dāng)行腳僧去遠(yuǎn)后，他不解地問母親：“僧眾如何如此無禮，吃了齋飯也不說一句感謝的話？”“僧眾要是感謝我們，我們就求不到福了?！蹦赣H解釋說。

聽了母親的話，他心里暗自想：“這樣看來，僧眾的確是人間最高尚最偉大的人了！”從這以后，便時刻發(fā)心想出家修行，只是苦于沒有出家的方便門路罷了。

憨山大師聽到金陵的一位和尚說：“金陵報恩寺的住持西林和尚，一生修行，很有道德。”便發(fā)心想跟隨西林和尚去學(xué)佛法。

他就把出家學(xué)佛法的事告訴了父親，但卻遭到了父親的拒絕，只得又去請求母親，母親說得很有道理，她說：“養(yǎng)育兒女的目的是期望他獲得真正的成就，既然他有這樣崇高的志愿，我們做父母的應(yīng)該讓他去！”于是就在十月的一天，把他送到報恩寺去了。

后來大師依西林永寧和尚誦習(xí)經(jīng)教，兼習(xí)儒學(xué)及古文詩賦。十九歲，往謁棲霞山云谷法會禪師領(lǐng)受禪法。

萬歷二年（一五七四）大師又離京行腳，游嵩山、洛陽，至山西蒲州會見妙峰大師，和他同上五臺山，居北臺之龍門，參禪悟道。

大師自從離五臺山后，常有拜見父母之心，但恐落世俗知見，所以一直沒去。

不久前大師擬為報恩寺請一部大藏經(jīng)，在十月份到了京都，太后即命人贈給一部。大師奉經(jīng)到了龍江，這時報恩寺的寶塔連日放光呈瑞。大師到了金陵報恩寺，在迎經(jīng)的那一天，寶塔的光明好象一座橋一樣，呈半圓形向北伸延，迎接藏經(jīng)的僧人都從光明中走過。直至安置藏經(jīng)，建立道場，光明仍連日不絕。

這罕見的奇妙光明，吸引了千千萬萬的人們來瞻仰觀禮，面對如此瑞詳之相，無不嘆為稀有。

大師送經(jīng)到報恩寺的消息，不脛而走，一直傳到他老母親的耳朵里。老母親欣喜異常，先派人去問候大師何日到家，大師說：“我這次是為朝廷之事而來，不是為了家庭來的。如果老母親在相見時，如同過去未離時一樣歡喜，那我最多可回家過二夜，否則我就不回去了！”

老母親見大師這樣說，就派人再去說：“現(xiàn)在能再相見，已歡喜的不得了，那里還會悲傷？見一面就可以了，又何況是二夜呢？”

大師在靜坐中以神通力回到家里，老母親一見兒子，因過于激動，竟高興得昏倒在地。

晚上，大家聚在房間里敘談，一位族中的長者問：“你乘船來還是乘車來？”老母親說：“何必問乘船來乘車來！”

長者又問：“哪從何處來呢？”老母親說：“從空中來！”大師聽了驚訝地想：“怪不得老母親當(dāng)年能舍我出家??！”

于是問老母親：“我出家后，你想念我嗎？”老母親說：“哪能不想念呢！”大師又問：“你怎么排遣這想念之情呢？”

老母親說：“我起初不知如何是好，后來知你在五臺山，就去問師父五臺山在什么地方，師父說“在北斗之下，即你令郎盾住之處”。我從此后，每夜朝北斗星的方向禮拜，稱念菩薩的名號，漸漸地就不再想念了。假如說你死了，就不再拜了，也不再想念了，今天見到你，是神通變化而來呀！”

第二天，大師隨二親去祭祖墓，又去卜擇二親的葬穴，這時老父親已八十歲了，大師開玩笑說：“今日活理老子，省得他日再來！”并把鏟斫在地上，老母親見了一把奪過鏟說：“老婆婆自埋，又何必?zé)﹦e人來！”連斫了數(shù)十下。

第三天，大師向二親告別，老母親歡喜如故，未嘗蹩眉，大師知道老母親并非尋常之人。

憨山大師遭到流放，十一月，大師到了南京，在長江邊上老母親來與大師訣別。大師見老母親歡喜交談，音聲請亮，胸中沒有絲毫的滯礙，于是問：“當(dāng)您聽到兒死生之際，難道就不憂愁嗎？”

老母親說：“死生是由業(yè)力而定，我自己的死生尚且不憂，何況是你呢？但人言參差，我對此事又沒有決定的見解，所以覺得有些懷疑?！?/p>

母子倆就這樣坐談到天亮，在即將訣別時，老母親囑咐說：“你應(yīng)善以大道自愛，不要替我擔(dān)憂，今天我也與你長別了！”老母親說完，頭也不回地欣然上路去了。

大師望著母親遠(yuǎn)去的背影，感慨地想：“天下的父母都能這樣，豈不可以頓盡生死之情了嗎？”于是下筆寫了一首《母子銘》：

母子之情，磁石引鐵；

天然妙性，本自圓成。

我見我母，如木出火；

木已被焚，火元無我。

生而不戀，死若不知；

始見我身，是石女兒。