在尼安德特人滅絕的假說中往往都忽略的氣候因素。尼安德特人在西亞的消失大約是距今5萬年，在歐洲的消失大約是距今4萬年（局部最晚可能晚到3萬年左右），這個時間段屬于深海氧同位素3階段，即MIS3或OIS3，氣溫大體與今日相似，與之前的OIS4和之后的OIS2（末次盛冰期）相比，是相對溫和、適宜人類生存的。典型的尼人經(jīng)歷了20萬~4萬年間的多次氣候旋回（一些被認為屬于早期尼人的標本年代更老），從較大的時間尺度來看，沒有道理唯獨適應不了OIS3的氣候。

不過隨著研究分辨率的提高，一些古環(huán)境信息顯示OIS3的不穩(wěn)定性比之前想象的更大，其中一些短暫的寒冷事件以及火山爆發(fā)對尼人的影響可能還需要重新評估。因此也有一部分學者提出尼人消失是因為棲息地退化和碎片化，現(xiàn)代人占據(jù)尼人領地之前尼人已經(jīng)滅絕(Finlayson 2004)。沒有兩個降溫事件是完全相同的，因此曾經(jīng)渡過一個不代表就能適應下一個(Stewart 2005)。這類假說仍把氣候和環(huán)境視為主要驅(qū)動因素，尼人滅絕和現(xiàn)代人無關或至少關系不大。

還有一類假說可以視為2和3的相互作用(Stringer et al. 2003；Lahr and Foley 2003)。比如在尼人和現(xiàn)代人共存時，也許在好光景的時候兩者尚可勢均力敵，可一旦遇到氣候波動、資源減少的情況，現(xiàn)代人在文化適應上的優(yōu)勢（如更有效的社會組織、更強的社群內(nèi)認同、更廣的社群間交流網(wǎng)絡）就能起到關鍵作用，尼人沒有那么強的應變能力，這樣來自現(xiàn)代人的競爭嚴重加劇了尼人所面臨的生存壓力，最終導致尼人滅絕。