清軍機(jī)處還設(shè)有專門的檔案房，有專職的保密人員管理這些檔案，由此而使軍機(jī)處的保密工作做得非常之好，同時(shí)，為后代留下了許多難得的珍貴史料。在軍機(jī)處值廬，還有專派的御史往復(fù)稽查，不準(zhǔn)任何人窺探。如有地方督撫官員通過各種方式向軍機(jī)章京刺探情況，必嚴(yán)加處理。

軍機(jī)處唯一的一次尾大不掉，是在和珅擔(dān)任領(lǐng)班時(shí)期。和珅掌權(quán)后，身兼軍機(jī)大臣和御前大臣，打破了制衡的框架，要求“凡有奏折令具副本關(guān)會軍機(jī)處”。如此以來，在制度設(shè)計(jì)上，就令軍機(jī)處的地位大大提高，不僅參與決策，還實(shí)際掌控了信息渠道，皇帝被操縱的風(fēng)險(xiǎn)大大增加。

三、清朝軍機(jī)處被廢除

嘉慶帝在翦除和珅后，立即廢除此條。此外，嘉慶帝還多次刻意地挫壓朝臣中尊崇軍機(jī)處的風(fēng)氣，并否決了一位官員提出的在奏折內(nèi)將軍機(jī)處抬寫以示尊重的建議。嘉慶帝對于軍機(jī)處的一連串打壓，主要是基于對和珅專權(quán)的撥亂反正，他本人對于軍機(jī)處的作用并不否定。

慈禧太后大權(quán)獨(dú)攬，軍機(jī)處和軍機(jī)大臣的權(quán)力被削弱。“甲申易樞”后，慈禧太后的權(quán)勢進(jìn)一步擴(kuò)大，軍機(jī)處也變?yōu)榇褥蠼y(tǒng)治的工具。宣統(tǒng)三年(1911年)五月八日，清政府在立憲派國會請?jiān)高\(yùn)動的壓力下，實(shí)行所謂“責(zé)任內(nèi)閣制”。下令裁撤舊設(shè)內(nèi)閣及軍機(jī)處，自此實(shí)行了180余年的軍機(jī)處被廢除。