崇教寺始建于明代洪武十六年，即公元1382年，迄今為止已有六百多年的歷史。原寺廟建在蓋州城的西門外，清康熙十一年（即1672年）重新修建時，方遷到上帝廟對過的路南，現(xiàn)存的建筑距今也有三百多年的歷史。民國初年，蓋平商會曾設(shè)在崇教寺院內(nèi)的東西廂房內(nèi)，當時商會立的抹銀碑仍存在正殿房后。

崇教寺俗稱“孔子廟”。

明朝蓋州衛(wèi)是遼東半島的一處重鎮(zhèn)，也是歷史上兵家必爭之地，曾在此發(fā)生過數(shù)次戰(zhàn)事，明廷重視這座歷史悠久的重鎮(zhèn)，因此建朝之初便在這里建置廟宇，以敬天祀神，祈福教人。蓋州歷有崇尚儒術(shù)，遵崇道德之風，建立崇教寺正是政客騷人云集宜道之處。

崇教寺坐北朝南，三進院落，正門設(shè)在舊銀市街，院內(nèi)的建筑由北向南依次為崇圣祠、大成殿及東西配廡、大成門、東西牌樓、照壁等建筑。其中大成殿面闊五間，進深四間，東西長18.3米，南北寬9.92米。大成門面闊三間，進深三間，東西長10.7米，南北長8.8米，成大殿屬于硬山式建筑，為大木架結(jié)構(gòu)，殿頂為青瓦頂五脊。正脊及山墻的屋檐浮雕花紋，細致絕倫。因年湮歲遠，正脊兩端的鴟吻，垂脊上的跑獸，如今已蕩然無存。

現(xiàn)院內(nèi)僅存大成殿，大成門及東配廡。原寺內(nèi)的碑石和赑屃仍埋于地下。曾在院內(nèi)出土的一對石獅現(xiàn)立于蓋州鐘鼓樓的山門前。如今院內(nèi)的幾棵古槐雖經(jīng)三百多年的滄桑變換，愈發(fā)青翠欲滴，郁郁蔥蔥。

2014年遼寧省人民政府（遼政發(fā)[2014]27號）公布崇教寺為省級文物保護單位。