維吾爾族先民信仰過薩滿教、摩尼教、景教、襖教(拜火教)和佛教，10世紀以后改信伊斯蘭教。

北宋乾德三年(965年)，中亞地區(qū)伊斯蘭教的薩曼尼王朝，把伊斯蘭教傳入新疆的喀喇汗國，后分兩路向內(nèi)地傳播。南路沿大隔壁入葉爾羌(今新疆莎車)并繼續(xù)向東伸展。北路由喀什傳播到阿克蘇和庫車等地。到16世紀，遍布新疆南北各地。也就是說，至遲到16世紀，散居在博爾塔拉的維吾爾族已信仰伊斯蘭教。

伊斯蘭教是近代新疆維吾爾族基本上全民信仰的宗教，在維吾爾族中的傳播、發(fā)展已有一千多年的歷史。早在唐代伊斯蘭教即開始傳入新疆，但在古代維吾爾族中的大規(guī)模傳播，是10世紀初期喀喇汗王朝統(tǒng)治者蘇圖克.布格拉汗信仰伊斯蘭教之后。在15世紀后期，伊斯蘭教排除了其他宗教，在維吾爾地區(qū)占據(jù)統(tǒng)治地位，成為全民信仰的宗教。從此伊斯蘭教對維吾爾族人民的思想意識和經(jīng)濟、政治、文化、生活習(xí)俗等生活方式反面，均產(chǎn)生了深遠影響。

維吾爾族大多數(shù)人信仰伊斯蘭教遜尼派的教法學(xué)派之一哈乃斐派，也有一部分人信仰神秘主義派別的蘇菲派教義，在新疆稱為依禪派。此外還有少數(shù)人信仰什葉派教義，主要分布在喀什等地。在宗教信仰活動上，各派一直保持著不同的宗教主張、儀式和特征。