在分靈習(xí)俗特別旺盛的臺(tái)灣，媽祖信仰因?yàn)榉朱`與進(jìn)香等宗教活動(dòng)，形成特殊的層級(jí)譜系。分靈系指地方新建廟宇，或者信徒欲在自宅供奉某一尊神明時(shí)，先到歷史悠久、神跡靈驗(yàn)的大廟去求取神明的靈力。經(jīng)過(guò)特殊的儀式之后，新塑的神像被視為祖廟神明的分身，具有相同的靈力，但是每年必須重新回到祖廟來(lái)進(jìn)香、刈火，方能保持靈力不衰。分靈習(xí)俗并非媽祖信仰獨(dú)有，但其影響力以媽祖最鉅。

在臺(tái)灣，大凡歷史較為悠久的媽祖廟，都會(huì)成為鄰近地區(qū)媽祖廟和信徒自宅供奉媽祖的祖廟，層層分靈傳布出去后，形成一個(gè)蛛網(wǎng)密布的信仰系統(tǒng)，并且透過(guò)熱鬧的進(jìn)香、刈火儀式，強(qiáng)化信仰的深度。信徒們也普遍相信，層級(jí)較高的媽祖廟，其神力靈感也較為強(qiáng)大(這個(gè)情況在其他地區(qū)則較不明顯)。

因?yàn)檫@樣的層級(jí)觀念，臺(tái)灣許多媽祖廟對(duì)于自身在層級(jí)中的地位錙銖必較，民國(guó)四十年代(1950年代)以后，臺(tái)灣的各大媽祖廟之間開(kāi)始有誰(shuí)才是“開(kāi)臺(tái)媽”的爭(zhēng)論。只要是規(guī)模較大的媽祖廟，無(wú)不在山門(mén)上大書(shū)“開(kāi)基媽祖”或“開(kāi)臺(tái)媽祖”，標(biāo)榜自己的香火乃是直接從福建湄洲祖廟而來(lái)。

1990年代，在兩岸交流開(kāi)放以后，臺(tái)灣許多媽祖廟蜂擁前往福建湄洲島進(jìn)香，并捐款興建殿宇。這使得媽祖廟和“媽祖遺跡”已經(jīng)在文化大革命中被破壞殆盡的湄洲島，重新迅速興建了大量豪華的宮殿、參道和牌樓。

這種對(duì)于“祖—從”關(guān)系的爭(zhēng)論，有時(shí)還會(huì)造成宮廟之間的不睦。但對(duì)于信徒來(lái)說(shuō)，宮廟之間的爭(zhēng)執(zhí)并不造成信仰上的差別。隨著媽祖信仰的影響力提升，各重要媽祖廟舉辦的宗教活動(dòng)，往往成為強(qiáng)力的社會(huì)動(dòng)員，乃至于沾染上政治色彩。

清朝歷史學(xué)家趙翼記下了一個(gè)很有趣的臺(tái)灣海峽的媽祖?zhèn)髡f(shuō)。若遇海難向神明呼救時(shí)，稱“媽祖”，媽祖就會(huì)立刻不施脂粉來(lái)救人。若稱“天妃”則媽祖就盛裝打扮，雍容華貴地來(lái)救人，所以會(huì)很晚才到。故海上都稱“媽祖”，不敢稱“天妃”，希望媽祖立刻來(lái)救海難中的漁船。而臺(tái)灣的媽祖?zhèn)髡f(shuō)，大概都是媽祖用裙擺擋下第二次世界大戰(zhàn)的美軍空投炸彈。二次大戰(zhàn)期間，盟軍丟兩顆炸彈在大甲街上，一顆炸毀火車(chē)站一帶;一顆未爆彈落在媽祖廟旁的市場(chǎng)邊，當(dāng)時(shí)鎮(zhèn)殿媽祖的雙手是張開(kāi)的，民間流傳是鎮(zhèn)殿媽祖顯靈接炮彈，才使鎮(zhèn)瀾宮城內(nèi)一帶沒(méi)有受到炸彈損傷，云林西螺、屏東萬(wàn)丹萬(wàn)惠宮也有相似的傳說(shuō)。

也有媽祖讓孩童起死回生等傳說(shuō)。北港朝天宮、大甲鎮(zhèn)瀾宮、彰化南瑤宮、新港奉天宮都有媽祖顯靈讓兒童死而復(fù)活的神跡，傳說(shuō)大意是：有一女性香客背著兒子(或曰孫子)一同前往，在進(jìn)香途中其子(或?qū)O)因中暑突然暴斃，女香客不得已只得暫時(shí)將其尸體放置在廟后草寮中(或曰樹(shù)林下)，待進(jìn)香返回時(shí)再做處理。不料回程時(shí)竟遍尋不到其尸首，女香客無(wú)可奈何只得趕回家中，待其返抵家門(mén)，竟見(jiàn)其兒(或?qū)O)正在門(mén)口游玩。詢問(wèn)其經(jīng)過(guò)，孩童說(shuō)是有一位阿姨帶他回家，乃知是媽祖顯靈讓小孩死而復(fù)活。眾所皆知，人死當(dāng)然不能復(fù)生，此一神跡乃表示媽祖之神通廣大，能使死者復(fù)活。