房山石經(jīng)的鐫刻和儲(chǔ)藏，歷史久遠(yuǎn)，與其同時(shí)建造的云居寺，歷史也可謂漫長(zhǎng)。刻經(jīng)需要寺，寺因刻經(jīng)而更興旺發(fā)達(dá)，互相促進(jìn)，相得益彰。

關(guān)于云居寺的始建時(shí)間，許多人認(rèn)為是靜琬刻經(jīng)時(shí)所建，其實(shí)不然。據(jù)遼天慶七年(公元1117年)《大遼燕京涿州范陽縣白帶山石經(jīng)云居寺釋迦佛舍利塔記》載：“案諸傳記并起寺碑，原其此寺始自北齊(公元550—577年)，迄至隋代，有幽州智泉寺沙門智苑，……發(fā)心磨瑩貞石鐫造大藏經(jīng)，以備法滅。”可知云居寺始建于北齊。再參照“涿鹿山石經(jīng)堂者，始自北齊”的記載，以及北齊時(shí)鄴都佛教、佛學(xué)、刻經(jīng)盛況，云居寺和華嚴(yán)堂均始于北齊的說法是可信的，只是具體建造情況難考。

關(guān)于唐臨《冥報(bào)記》所載靜琬修建云居寺的故事，剔除其穿鑿附會(huì)部分，利用其合理的材料，則可證明靜琬當(dāng)時(shí)在選中了石經(jīng)山和原有洞穴，發(fā)愿刻經(jīng)久貯的同時(shí)，確實(shí)還擴(kuò)建了云居寺，正如《冥報(bào)記》中所言：“苑嘗以役匠既多，道俗奔湊，欲于巖前造木佛堂并食堂寢屋，而念木瓦難辦，恐分費(fèi)經(jīng)物，故未能起作?！较掠写笏砂?cái)?shù)千株，……苑乃使匠擇其木，邑里喜悅而共助造堂宇，頃之畢成，皆如其志焉?！边@應(yīng)是云居寺的第一次擴(kuò)建而不是始建。從其有佛堂、食堂、寢室，能滿足役匠既多的要求，用料又達(dá)數(shù)千根等判斷，當(dāng)時(shí)擴(kuò)建的規(guī)模還是不小的。其后在唐高宗總章二年(公元669年)題刻中，就首次出現(xiàn)了“云居”二字。

9世紀(jì)中期，云居寺又再次擴(kuò)建。何籌撰《大唐云居寺故事主律大德神道碑銘并序》曰：“大德……曾于本院，別起道□(壇)，請(qǐng)高行數(shù)人，轉(zhuǎn)藏經(jīng)七遍?！蠛途澎?公元835年)秋下旬有三日示疾，歸寂于本寺東院?！?/p>

遼代，在穆宗耶律璟的積極支持下，云居寺又得到一次大規(guī)模的修建和擴(kuò)建。寺內(nèi)“題記”載：“皇朝應(yīng)歷十四載(公元964年)，寺主苾蒭[bi chu 必除](即比丘)謙諷完葺一寺，結(jié)邑千人。請(qǐng)右補(bǔ)闕瑯玡王公作碑，其文稱最，或傳于竹帛，或記于肺腑，或誦在口者眾矣?！薄昂蜕袆t歷綱維、典寺事，見風(fēng)雨之壞者及兵火之殘者，補(bǔ)政紹隆，迭有次序。以壇物畢萃于十方，故建庫房一座，五間六架；以庖人可供于四眾，故建……?！笨芍t諷和尚數(shù)十年間，先后主持建造了佛殿、講堂、經(jīng)房及附屬建筑物等，大小共計(jì)67間有余?？上У氖牵耙虮鹚熘羵薄?。因此，出現(xiàn)了“補(bǔ)缺子諸行宮都部署判官都官員外郎賜紫金魚袋教(即王政子王教)，念先人遺跡，出俸錢再修”之事。

到了金代，云居寺再次修建、改建。據(jù)《謙公法師靈塔銘》云：“大定二十五年(公元1185年)有茲院大眾、本里壇信以施?！┱咧匦蘩扔?，別建僧庵，西序東廚，煥然頂新?！?/p>

元明時(shí)期，云居寺只有一些小型修繕活動(dòng)?！队涡∥魈煊洝份d：“弘治九年(公元1496年)二月中旬，際遇□□大石窩開塘取石，督工之暇，觀其殿像傾廢，故發(fā)誠(chéng)心，傭工重建，復(fù)將□□□置于內(nèi)，加以粉地，繪畫其上，如此煥然一新，將見神有所依，人有所仰……?！?/p>

綜觀歷代記載，云居寺從始建至1940年前后被日本侵略軍全部焚毀，至少有五次大的修建和擴(kuò)建?，F(xiàn)已在云居寺廢墟上建立文物庫房，對(duì)塔及石經(jīng)進(jìn)行保管整理。

與房山云居寺塔同時(shí)或前后修建的各類塔，從唐至遼代大約有10余座，形成了當(dāng)?shù)刂乃?。至今尚存的有七座，最早的一座為唐景云二?公元711年)王璬〔jiao皎〕造石浮圖，最晚的一座為遼天慶八年(公元1114年)建造的小型八角石塔。

目前在云居寺的北側(cè)尚存一座遼塔，其四隅分別建有精美的小石塔，建筑年代分別為唐景云二年(公元711年)、太極元年(公元712年)、開元十年(公元722年)、開元十五年(公元727年)，可見北塔塔基應(yīng)是唐代遺跡?，F(xiàn)存正中北塔將樓閣式、覆缽式二者結(jié)合為一，形制較異。有人認(rèn)為再將四隅小塔統(tǒng)一起來觀察，則是金剛寶塔的雛型，可備一說。云居寺各塔中，多數(shù)塔身都有浮圖或題記，是研究石經(jīng)山和云居寺的重要資料。