極度貧困的農民時常起而反抗。有時候是針對封建領主，有時候直接針對幕府當局。德川時代的256年間，此類農民起義不下1000次。他們一般不反對沉重的40％的賦稅，而是抗議在這個基礎上又增加的賦稅。因為無法忍受，他們成群結隊地涌向藩主，但請愿和裁判都是有秩序的。農民們寫好請求免除苛政的請愿書，遞交藩主內臣；如果請愿書被扣壓或者領主不予理睬，他們便派代表去江戶把狀子呈送給幕府將軍。在一些著名的起義中，農民在江戶城內攔截幕府高官的車駕，確保狀子不被扣壓。農民此舉風險很大，幕府首腦一般首先解決當前問題，而后則追究農民領袖。一般而言，幕府的判決有半數傾向于農民的利益。當局看來，農民的請愿可能正當也可能是無理取鬧，需要評判，而且正當的要求應該尊重。但是，農民起義的領袖則已觸犯等級制度的嚴峻法令。即使判決傾向于農民，但農民領袖應該判處死刑，斗爭的目的再正確也必須死。甚至農民領袖自己也承認這種無法改變的命運。被處死的人是農民的英雄，人們聚集刑場，目睹首腦們被投入油鍋、砍頭或者釘上木架。他們不會暴動，而是在事后建祠堂，把領袖們作為殉難烈士供奉起來。他們很清楚這樣做很殘忍，不公平，但法令和秩序是他們賴以生存的核心，必須接受。

多年來幕府一直努力鞏固各藩的等級結構，使每一個階級都依靠封建領主。大名在每個藩中處于最高地位，將軍在行政上的最主要任務就是控制大名。他采取一切手段防止大名間結盟，甚至未經將軍許可，大名不許互相通婚。各個領地之間經商受到嚴重阻礙，哨卡林立，彼此甚至不準架橋。幕府嚴禁大名“出女入炮”，就是私運婦女或者偷運武器入境。將軍還派了許多密探了解各個大名的財政狀況，一旦某個大名金庫充實，將軍就會要求他承擔大型的土木建筑工程，把他多余的錢全都花掉。各種規(guī)定中最有名的一項就是，每年之中，大名必須在京城住上半年，當他返回自己的領地時，也必須把妻子留在江戶，作為將軍手中的人質。幕府費盡心機保護自己的權力地位，使日本保持基本的平靜，沒有走向中國改朝換代的輪回。

當然，將軍不是這個等級制金字塔的尖端，他是奉天皇之命來掌權的。天皇才是最高等級，但他和他的宮廷世襲公卿貴族隱居在京都，沒有實際權力。天皇的收入甚至比不上最小的大名，宮廷的一切儀式都由幕府嚴格制定。盡管如此，有權有勢的德川將軍也沒有廢掉天皇。他把他隱藏得如此隱秘，德川幕府即將崩潰的時候，打開日本大門的佩里將軍也沒有想到將軍的背后還有一位天皇。美國第一任駐日使節(jié)哈里斯于1858年和日本談判第一個通商條約時，也得依靠自己去發(fā)現天皇的存在。