明朝和清朝初期，土司制度更加完備，土司和土官占有領地內全部田土，將屬民世世代代束縛領地上(但不能任意殺戮和買賣屬民)。土官對屬民實行以勞役地租為主的剝削，同時進行殘酷的超經濟剝削，其名目達十余種之多。與此同時，明廷還在布依族地區(qū)推行“衛(wèi)所屯田制度”，置營田使，經管“軍屯”和“民屯”，后來，這些地區(qū)首先轉化為封建地主經濟。從明末到清初，隨著布依族社會經濟的發(fā)展，土司境內的屬民也日益發(fā)生兩極分化，人口大量增加，開始出現(xiàn)了租佃和買賣田土的現(xiàn)象。土司和土官不得不承認領地內這種已經存在的田土買賣和租佃的合法性，并同意和褒獎開荒墾殖(新墾殖的田土也可買賣)，以維持屬民的生計。隨著田土買賣的發(fā)展，有的土目、頭人也日益貧困，將私田和糧田轉售于漢人。布依族地區(qū)部分富裕的土官、把事及少數(shù)占有較多田地的屬民，還有漢族地主和高利貸者形成了新的地主階級，實物地租也逐步取代勞役地租。雍正五年(1727)，清王朝采取的大規(guī)模“改土歸流”的政策，客觀上確立和發(fā)展了布依族地區(qū)的封建地主經濟，加速了領主經濟的崩潰，土司制度也隨之消亡。