也正是在此期間，他還辦了一件于國、于教、于五臺山都意義重大的事——協(xié)助章嘉活佛在五臺山鎮(zhèn)海寺設立了蒙旗宣化行署辦公處。出生于青海塔爾寺的章嘉，全稱為“大國師章嘉呼圖克圖”（大國師是封號，章嘉是名，呼圖克圖是蒙古活佛之意），是內蒙古的宗教領袖，屬中國四大活佛之一。辛亥革命成功，閻錫山成為山西大都督之后，為進一步鞏固和開辟綏遠、包頭，直至整個內蒙古，便與常住五臺山鎮(zhèn)海寺的章嘉活佛建立了友好關系。

1929年(民國十八年)間，章嘉活佛對蒙古人民進行宣傳教育，領導各盟旗人民抵制外蒙古制造的“蒙古獨立”的影響，勸導各盟長、王公、喇嘛和庶眾依附國民黨。國民政府行政院認為章嘉領導內蒙古“內向”有方，特準許章嘉在全國各大城市設立辦事處，以利因地制宜進行宣傳教化工作。閻錫山也認為章嘉活佛是一依靠對象，可讓其配合自己鞏固和發(fā)展已有統(tǒng)治，便協(xié)助章嘉活佛在五臺山鎮(zhèn)海寺設立蒙旗宣化行署辦公處，下設辦公室、秘書處、電臺服務處，內有處長、副官、秘書等辦事人員二十多名。他還向國民政府請示，給章嘉駐地鎮(zhèn)海寺配備兩個步兵連、一個騎兵連的槍枝、彈藥和軍晌（實際上一般只有三十多人），進行保衛(wèi)。

與此同時，還為章嘉活佛在太原也設立了駐晉辦事處，并推薦自己的親信、軍需處長張平衡（五臺縣東茹村人）任辦事處處長。從此，章嘉與閻同心協(xié)力，溝通了蒙藏地區(qū)與山西的人員交流和經(jīng)濟往來。1934年左右，在五臺山出家和安家的蒙古人竟達2000余名，并使大把大把的鈔票從蒙藏地區(qū)流人五臺山。毋庸諱言，閻錫山支持章嘉活佛有其政治目的，但從客觀效果看，卻對五臺山佛教的發(fā)展和漢、蒙、藏民族間的交往與和諧相處產(chǎn)生了積極的推動作用。應該承認，這是閻錫山對五臺山的一大貢獻。

閻錫山本人最后一次登臨五臺山，是在抗戰(zhàn)爆發(fā)后?？箲?zhàn)爆發(fā)后，閻錫山在晉北督戰(zhàn)。由于旅長梁鑒堂在茹越口陣亡，所部潰退，日軍占領繁峙城，他只好慌忙騎了小毛驢，經(jīng)繁峙，過峨口，直奔五臺山。事后他曾作詩《走五臺山》記述了當時的情景：雪天徹夜走清涼，飛燈光耀遍山梁。老人途中遲行進，徒步濘泥衣帶霜。

到五臺山后，他顧不得休息，就進到大孚靈鴛寺跪拜了佛祖。第二天，他特地會見了章嘉活佛，密談時局變化，并安排了章嘉的撤離事宜（時隔不久，便派兩輛汽車將章嘉活佛與隨從接至太原，隨即又轉到吉縣一帶保護起來。人民解放軍解放太原時，他先是將章嘉送到南京、上海，向臺灣潰退時，又將章嘉也帶了去，且一起老死于臺灣）。此后，他便急急轉至豆村，召開了軍事會議，接著就回到老家河邊。

忻口戰(zhàn)役后，閻錫山全家撤離河邊村，由太原而臨汾，由臨汾而陜西宜川，由陜西宜川而山西吉縣。

此后十余年間，由于一直戰(zhàn)事不斷，他再未登臨五臺山，但他對五臺山的思念，對佛祖的虔誠信奉，卻“與時俱進”，有增無減。

1949年，人民解放軍兵臨城下，統(tǒng)治山西三十多年的他成了甕中之鱉，因而更將希望寄托在佛祖的保佑上。這年的正月初一，他一反常態(tài)，頭戴纓穗高帽，身穿一級上將禮服，胸前掛著胸章.腳蹬馬刺皮靴，腰里佩戴短劍，一個人在太原東花園的東南角，點起紅燭，十分虔誠地燒香敬紙，跪拜神靈，以保佑其度過有生以來最大的“劫難”。

可惜，這一次佛祖卻沒有“顯靈”，未能使他“絕處逢生”、盡管如此，到了臺灣之后，閻錫山仍舊一心信佛，并于1952年就他對佛教的理解題字云：“佛不在釋書中，佛在汝心中。從釋書中求佛，只能得些佛話，在汝心中求佛，始能得到佛心。”而在他死前，則又寫下了頗為高深的自挽聯(lián)，給世人留下了不解的謎團：擺脫開，擺脫開，粘染上洗干凈很不易;持得住，持得住，掉下去爬上來甚為難。